启动子预测

请教启动子序列预测方法

定义：启动子是参与特定基因转录及其调控的DNA序列。包含核心启动子区域和调控区域。核心启动子区域产生基础水平的转录，调控区域能够对不同的环境条件作出应答，对基因的表达水平做出相应的调节。区域：启动子的范围非常大，可以包含转录起始

如何预测启动子

在网上搜一下启动子预测，有很多的

如：

Promoter Scan

www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/

http://www.fruitfly.org/seq_tools/promoter.html

www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

bioportal.bic.nus.edu.sg/tres/

知道基因全序列怎样预测启动子

在网上搜一下启动子预测，有很多的

如：

Promoter Scan

www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/

www.fruitfly.org/...r.html

www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/

bioportal.bic.nus.edu.sg/tres/

如何查找基因的启动子及预测转录因子

1.对于已知启动子的生物，就不过多赘述了，网上资源很多，可以上blast等生物信息学网站搜索基因序列，很容易得到序列的

2.对于原核生物来说，启动子一般就在起始密码子上游不远处，是紧密相连的，所以启动子及其调控序列一般位于基因上游不远处。

3.对于真核生物来说，启动子有可能在距相应基因的上游或下游，部分甚至距离基因几千kb, 很难准确判断出位置，所以预测的话得用Gel Shift Assay 或者 Dnase I Footprinting 技术来确定，这两个都是比较费时间的实验

有谁会用genomatix查询基因启动子区域并预测转录因子结合位点吗

首先你要知道这些信息：转录因子名称、基因名称、启动子序列等等，然后有很多在线的数据库可以预测基因启动子区域，寻找promoter区域序列的数据库有以下几个：1.用NCBI：www.ncbi.nlm.nih.gov/2.用UCSC：www.genome.ucsc.edu/3.用Ensembl：www.ensembl.org/index.html

有谁知道有没有一个启动子预测软件，可以预测一个基因的启动子序列上的转录因子结合位点

软件不知道网站倒是有你去google搜tfscan或者tfsearch 就是去ncbi把一个基因的上游1，2K bp的序列输进去就会找出来的不过都是预测的而且不能确定是促进还是抑制

如何查询某一基因的启动子区有无某转录因子的结合位点

这个目前好像还查不到吧，只有查文献看别人的报道。因为如果可以根据结构或功能域去查的话，很多信号通路的研究都不用那么复杂了