简并引物设计原则

一：抉择：简并引物设计的最佳设计软件

一直用pri範er，还有实验室老板自己写的一个软件，感觉诧异都不大，因为基本的要满足的要素都是一样的，最后也都能拿到蛋白，CODEHOP没用过，感觉万变不离其宗。

二：简并引物有什么作用？有什么优点？求详细答案。

中文名称：

简并引物

英文名称：

degenerate primer

定义：

获得序列未完全清楚的核酸的一种引物设计方案,特点是所设计的引物序列某位置的核苷酸可以分别是两个或两个以上不同的碱基,结果所合成的引物是该位置上不同序列的混合物.

应用学科：

生物化学与分子生物学（一级学科）；方法与技术（二级学科）

三：请问用Codehop设计好的简并引物页面，哪是上游，哪是下游，以及怎样选择我要的一对引物啊，请大侠指点啊

block unknown A以及下面的block unknown B是上游引物,complement of block unknown A是下游引物。对于一条序列，比如图中的SVVLGLM------ERNLQN这条序列，它给出上游引物的几种可能，就是block unknown A信息，同时它也给出了下游引物的几种可能，就是complement of block unknown A信息。至于，你要做上游引物，还是下游引物，要根据你的全长序列，你扩增的片段长度来选择，是人为选择的。选择后，最好把引物用OLIGO,或者PRIMER检测一下，看看有没有二聚体，发卡之类的。

四：求助保守序列查找，引物设计

如果：你研究的物种没有这个基因，就可以按下面步骤做。

1：把你的基因名称粘贴在NCBI的蛋白质数据库中，进行搜索（这个比核酸数据库更保守一些）

2：根据搜索到的结果，看下面列出的信息，有没有和你研究物种是近缘的（从分类上说的）

3：下载10-20条左右的氨基酸序列（片段长度最好差不多、下载最好分布多个近缘物种）

4：保存成FASTA格式，用MEGA软件（或其他可对比软件），进行比对

5：根据比对结果，找到保守序列（例如MEGA的显示是小星号，这个自己看一下软件就OK啦）

6：根据保守序列，按照简并引物设计原则，设计成对引物。（这个要学习一下如何从氨基酸翻译成核苷酸）

7：将序列给公司，进行合成。

8：回来，进行普通PCR扩增，如果有目的条带，则进行割胶回收，连接载体，克隆，测序

9：将测序结果进行BLASTX比对，看扩增的是否是你的基因，可用于全长扩增等后续实验

如果：你研究的物种有这个基因，就直接根据数据库中的序列设计引物就行啦。

五：请问用primer premier6.0怎么设计简并引物。使用手册里面讲的align功能区在哪儿，怎么操作，需要具体指导 5分

这么困难的问题怎么才给5 多给点