核酸序列分析

一：简述核酸和蛋白质的序列分析分别可以用来做什么

在获得一个基因序列后，需要对其进行生物信息学分析，从中尽量发掘信息，从而指导进一步的实验研究。通过染色体定位分析、内含子／外显子分析、ORF分析、表达谱分析等，能够阐明基因的基本信息。通过启动子预测、CpG岛分析和转录因子分析等，识别调控区的顺式作用元件，可以为基因的调控研究提供基础。通过蛋白质基本性质分析，疏水性分析，跨膜区预测，信号肽预测，亚细胞定位预测，抗原性位点预测，可以对基因编码蛋白的性质作出初步判断和预测。尤其通过疏水性分析和跨膜区预测可以预测基因是否为膜蛋白，这对确定实验研究方向有重要的参考意义。此外，通过相似性搜索、功能位点分析、结构分析、查询基因表达谱聚簇数据库、基因敲除数据库、基因组上下游邻居等，尽量挖掘网络数据库中的信息，可以对基因功能作出推论。上述技术路线可为其它类似分子的生物信息学分析提供借鉴

二：核酸和蛋白质序列分析的内容和方法有哪些

核酸和蛋白质序列分析的内容和方法有哪些

蛋白质结构分析方法：X射线晶体衍射分析和核磁共振

x 射线衍射法的分辨率可达到原子的水平，使它可以测定亚基的空间结构、各亚基间的相对拓扑布局，还可清楚的描述配体存在与否对蛋白质的影响。多维核磁共振波谱技术已成为确定蛋白质和核酸等生物分子溶液三维结构的唯一有效手段。NM R技术最大的优点不在于它的分辨率，而在于它能对溶液中和非晶态的蛋白质进行测量。

蛋白质的序列结构测定:

1.到目前为止，最经典的蛋白质的氨基酸序列分析方法是，sarI等人基于Edman降解原理研制的液相蛋白质序列仪，及后来发展的固相和气相的蛋白质序列分析仪。

2.质谱：早期的质谱电离的方式主要是电子轰击电离(EI)，它要求样品的挥发性好，一般与

气相色谱联用。但使用G C／M S分析，肽的长度受到限制，只能分析小的肽段。近年来，

在离子化的技术及仪器方面取得了突破性进展，使得质谱所能测定的分子量的范围大大超

出了10k u。因此，软离子化技术、基质辅助的激光解吸／离子化(MALDI)和电喷雾离子化(E SI)显得尤为有前途。通过串联质谱技术(MS／MS)和源后衰减基质辅助的激光解吸／离子化(PSD—MAIDI—MS)，人们就可以从质谱分析中获得肽及蛋白质的结构信息。

三：如何对一条全新的的核酸序列进行功能分析

有两种方法：一、可以提取产生这种蛋白的细胞总RNA，逆转录，做成cDNA文库。再把这种蛋白从两端各测一段序列，根据密码子表再翻译成DNA序列(不止一种），根据这些序列全部做成DNA探针，再结合，然后把该蛋白的基因调出来。二、提取该蛋白，用兔子/小鼠/绵羊等哺乳动物做成该蛋白的抗体，再用抗体去调出正在翻译的该蛋白的mRNA序列，因为在翻译过程中，正在翻译的蛋白由核糖体介导与该蛋白的mRNA相连，调出后就好办了

四：如何分析基因的核苷酸的cdna序列的氨基酸序列

1双螺结构解释了诸多遗传现象,规律如,分离,自由组合的物质基础 2双螺结构解释了诸多变异现象,如基因突变的物质基础 3双螺结构推动了遗传理论的进展,如以后形成的中心法则理论,蛋白的合成等,它是后来诸多新理论的最根本的基础 4双螺结构是基因工程等生物技术应用理论基础 5对于当今人类健康,基因医疗检查它也是最根本的理论依据. 总之,双螺结构无论在理论上还是在实践上,都在生命科学中占有重要位置,是生命科学历史的发展过程中里程碑试的理论,不过,任何一种生物学理论和假说,都在不断的发展,相信在未来,双螺结构一定会被赋予更新更丰富的内涵!

五：sanger加减法核酸序列分析的原理 10分

DNA序列测定技术（双脱氧末端终止法）使用须知

(张宏、李振甫)

一、背景介绍

目前最常用的手工DNA序列测定技术，仍然是Sanger等(1977)提出的酶法，也称双脱氧末端终止法。这种方法生成相互独立的若干组带放射性标记的寡核苷酸，每组核苷酸都有共同的起点，却随机终止于一种(或多种)特定的残基,形成一系列以某一特定核苷酸为末端的长度，各不相同的寡核苷酸混合物，这些寡核苷酸的长度由这个特定碱基，在待测DNA片段上的位置所决定。然后通过高分辨率的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，经放射自显影后,从放射自显影胶片上，直接读出待测DNA上的核苷酸顺序。

高分辨率变性聚丙烯酰胺凝胶电泳，亦是DNA序列测定技术的重要基础，可分离仅差一个核苷酸、长度达300-500个核苷酸的单链DNA分子。DNA序列测定的简便方法，为详细分析大量基因组的结构和功能奠定了基础，时至今日，绝大多数蛋白质氨基酸序列都是根据基因或cDNA的核苷酸序列推导出来的。

除传统的双脱氧链终止法外，自动化测序实际上已成为当今DNA序列分析的主流。此外,新的测序方法亦在不断出现,如上世纪90年代提出的杂交测序法等。

二、双脱氧末端终止法测序步骤

(一)制备模板

有两种类型的DNA可以作为Sanger法测序的模板,即纯化的单链DNA和经热变性或碱变性的双链DNA。

1、单链DNA模板 在一般情况下,可将靶DNA片段克隆于M13mp载体中,从M13mp系列噬菌体颗粒中分离得到的单链DNA模板效果最佳，只要细心掌握模板与引物的最佳比例,有经验的测序人员通过一次末端终止反应,能读取300-500个核苷酸序列。

2、经热变性或碱变性的双链DNA模板 利用双链质粒模板测序,其中有两个至关重要的因素,即模板的质量和聚合酶的种类。用小量制备的质粒DNA来测定未知序列的DNA克隆,往往因为有污染而并不可取。高纯度的质粒最好采用氯化铯-溴乙锭梯度平衡超速离心法制备。其次是应采用高质量的聚合酶。一次末端终止反应亦可能读出300核苷酸序列。

(二)引物

酶法测序反应中都有一个与模板链特定序列互补的寡核苷酸作为DNA合成的引物。不管是单链DNA作模板,还是用变性双链DNA作模板,都有通用引物可用,而不必另行设计与未知DNA序列互补的引物。通用引物可直接从厂商购买。

（三）DNA测序酶

该酶是一种经过化学修饰的T7噬菌体DNA聚合酶，是测定较长DNA的首选酶。市售的各种以该酶为基础的测序试剂盒，效果甚佳。

(四)放射性标记

传统的DNA测序方法都采用α-32P-dNTP作为放射性标记物,但由于32p发射的高能β射线，常会引起二个问题：首先是放射自显影图谱条带扩散、分辨率低，限制了识读序列的数量和准确性；其次是32P衰变会导致DNA样品分解，通常都应在测序反应后24小时内进行电泳,否则无法获得好的结果。

近年来α-35S-dNTP被广泛采用，是由于35S产生较弱的射线,克服了32P的二大缺点。放射自显影图谱具有较高的分辨率和较低的本底，测序反应产物可在-20℃保存一周，而分辨率并不下降。

（五）测序胶的准备及电泳

1、硅化玻璃板

2、配置电泳试剂和缓冲液

3、凝胶液的配置

4、电泳

5、电泳后凝胶的处理

(六)DNA序列的识读

DNA序列的识读: ①在显影前后一定要注意标明模板名称、日期和测序人等,并标明各套反应位置；②识读时从显而易见的特征序列开始，如连续的同聚核昔酸(如TTTTT、AAAAA)或交替出现的嘌呤和嘧啶(如GTGTGTGT),一旦找到这种序列，便可较快地确定目的序列......余下全文>>

六：什么是微卫星序列分析，microsatellite analysis

SSR也称为微卫星DNA(MicrosatelliteDNA),是一类由几个核苷酸(一般为1~6个)为重复单位组成的长达几十个核苷酸的串联重复序列.由于每个SSR两侧的序列一般是相对保守的单拷贝序列，所以

SSR标记就将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，然后根据微卫星的侧翼序列就可以人工合成引物进行PCR扩增，从而将单个微卫星位点扩增出来。由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性。

而在一个基因组DNA中，某个微卫星DNA（SSR）有可能存在多个，所以也就会有多个位点，因为他克隆的是SSR本身，具体可能会出现两种情况，一个是它会扩增出两个SSR基因中间的片段，而产生除SSR外的其它条带，也有可能酶的活性不够，SSR基因之间距离过远，就只会产生SSR片段，和正常只有一个位点的情况一样。这个没有自己做过，是我自己根据一些知识推测出来的，希望对你有帮助。

七：工作了四年了，一直都对现在的工作喜欢不来，父母不希望我辞职，我怎么办？

做自己想做的事,同时孝顺父母!