蛋白质的氨基酸序列

一:如何查询任一蛋白质的氨基酸序列。

现在几大生物信息数据库都是数据共享的。我们最常用的是NCBI(美国国立生物技术信息中心)。

百度查询NCBI,出来的第一条就是。

打开NCBI主页后,在左上角“all databases”下拉菜单中选择“protein”,然后在后面的输入框中输入蛋白的英文名称。(蛋白英文名称你可以百度它的中文名,一般在百科里可以找到它的英文名,及亚基数量等。)

输入完成后,点“search“,会出来一些搜索结果,是同一类蛋白不同物种来源的,选择你想要查询物种目的蛋白。在点开页面的最下方,就是它的氨基酸序列啦。

二:蛋白质氨基酸序列是先从n端开始吗

对,从N末端到C末端

三:蛋白质的基因序列和氨基酸序列有什么区别

基因序列是指编码氨基酸的核酸序列。是在DNA上的。氨基酸序列是蛋白质的一级结构,在蛋白质上

四:如何确定参与参与蛋白质相互作用的氨基酸序列

方法比较多。为了简单起见,我把问题假设成已知蛋白A与B在物理层面上互作,寻找蛋白B中参与互作的氨基酸序列。(假设互作的确实是一段氨基酸序列而并非某个结构)

截短。如果B蛋白存在多个domain,那么互作的位点有可能位于其中一个或者几个domain中(因为domain的折叠相对独立,所以截短domain对肽链结构的影响比较小)。利用分子生物学的方法,构建不同长度不同domain的蛋白B的截短突变体,然后分别常识和蛋白A互作(比如pull-down)。由此可以确定互作的序列存在于哪个domain,而哪个domain并不参与互作。

消化。截短的方法已经可以帮我们很大程度上缩小目标范围了。然后我们可以尝试一下把这个domain用蛋白酶消化,我们可以随机消化或者定向消化成一定大小的肽段。利用亲和层析的方法,可以帮助我们从中找出与蛋白A互作的肽段。

比如我们先用化学偶联的方法,把蛋白A 挂到柱子上,然后让蛋白B的domain消化后的肽段混合物通过柱子(在低盐环境下),这样与蛋白A互作的肽段会遗留在柱子上。然后利用高盐环境洗脱这些肽段(高盐环境一般会破坏蛋白间的互作),那么洗下来的就应该是互作的肽段。质谱测序和N端测序的方法可以有效帮助我们辨识这些肽段。

合成小肽。如果我们能够确定出几个candidates(候选),那么这几个肽段就有进一步实验下去的价值了。人工合成这几个小肽,然后让他们去和蛋白A互作。ELISA之类的方法可以有效的帮助我们监控这个过程。借此,我们从中找出互作最强的那个小肽(或者说你也可以认为有好几个肽段都在与蛋白A互作,这就基于自己的判断了)。因为这个时候我们已经很明确的了解这段序列了,我们也可以不停的增加删减氨基酸来寻找最合适的一段长度。

确定互作的强度。为了进一步明确这个互作的机理,我们可能会需要一些其他的参数等等,比如解离常数K、EC50。那么这个时候,ITC(量热示查)、BLI等等的一些技术可以帮助我们进一步了解机理。

验证。以上这些方法,都有一定的假阳性的可能,所以需要验证。我提供一个方法,利用突变的方法。在获得氨基酸序列和一些参数之后,我们可以分析一下互作的机理,然后判断出哪些氨基酸怎样的特性是关键。然后我们对蛋白B上面对应的氨基酸利用PCR进行特定的单点突变和多点突变。重新验证这些蛋白B突变体和蛋白A的互作能力。

借此,我们就可以判断出参与互作的氨基酸序列。

还有另外一条道路可以实现目标。这个方法,以上这些12345全都可以不做。

这个方法就是——解结构。

两个蛋白,如果互作很强,那么就会形成一个比较稳定的蛋白复合体。我们可以针对这个蛋白复合体进行结构生物学的研究。直接解出这个蛋白符合体的结构,那么他们互作的位点,相互的空间关系等等,一目了然。

结构的方法有两种。

1,结晶。结晶进行X-ray衍射。分辨率很高,方法也很经典。不过必须要先能够成功结晶。注意,蛋白复合体的结晶,绝对比单个蛋白要难上很多,很难拿到晶体。你可能好几年拿不到晶体(那时候12345早做完了)。

2,电镜。电镜接结构是近年来流行的方法。优点是很简单,不结晶,直接冷冻,快、简单、傻瓜式操作。缺点是要求蛋白分子量比较大。100kD以上才能看见,200kD才比较容易。而且电镜中,需要用肉眼判断复合体(真的是肉眼,几十万个particle都是人眼挑的)。也就是说,需要用肉眼在电镜下就能分辨出哪个是蛋白A哪个是蛋白B哪个是复合体。所以要求蛋白A和蛋白B的分子量都要比较大才好。

以上两条路子。前一条是经典的生化的法子,缺点是不直接、而且假阳性......余下全文>>

五:蛋白质的氨基酸序列和核酸的核苷酸序列有什么关系

蛋白质的氨基酸序列就是蛋白质的组成分子----氨基酸的排列顺序核苷酸序列指编码这个蛋白质的mRNA上的碱基排序

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