多序列比对

一：怎样分析多序列比对结果，结构域

多序列比对在分子生物学中是一个基本方法，用来发现特征序列，进行蛋白分类，证明序列间的同源性，帮助预测新序列二级结构与三级结构，确定PCR引物，以及在分子进化分析方面均有很大帮助，Clustal W(Dos版本)很适合这些方面的要求，Clustal X是window版本。 用Clustal比对后的序列，有时候我们需要转为图片放在文章作详细方析，但大部分人的方法都是直接截图，这样的后果就是图片一点都不美观。如果你是想要发表文章或其它比较重要的用途，图片的质量还是需要高一点的。

二：怎样将多个序列进行多重序列对比

不知道！说详细些

三：如何进行多序列比对，结果用来发文章的那种。

一般来说是用ClustalX（W）软件的多，不管装在电脑中的软件还是在线的软件（www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/），发文章用的多序列比对图还得经过进一步的处理，比如用BoxShade软件进行着色（www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html），这样更直观。

四：进行多序列比对后怎么标出特征序列

我觉得困扰你最大的问题是特征序列的定义你没有真弄明白。

向上的线段里，特征序列是所有的向下笔，向下的线段里，特征序列是所有的向上笔。只需要比较特征序列的包含关系，非特征序列的包含关系根本不考虑。（比如你的问题3,：4-7这个假设的向。

五：请教，如何根据多序列比对结果构建Profile

一般来说是用ClustalX（W）软件的多，不管装在电脑中的软件还是在线的软件（www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/），发文章用的多序列比对图还得经过进一步的处理，比如用BoxShade软件进行着色（www.ch.embnet.org/software/BOX_form.html），这样更直观。

六：序列比对的算法过程

实际操作中利用计算机程序实现序列比对的基本算法。序列比对不仅需要考虑子序列之间的匹配，而且需要对整个序列进行比较。也就是说，必须考虑两个序列中所有残基的匹配。这就意味着，不可能使所有残基都能严格匹配。在这种情况下，序列比对中确定空位的过程变得十分复杂。在进行序列两两比对时，有两方面问题直接影响相似性分值：取代矩阵和空位罚分。 空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，由于没有什么合适的理论模型能很好地描述空位 问题，因此空位罚分缺乏理论依据而更多的带有主观特色。一般的处理方法是用两个罚分值，一个对插入的第一个空位罚分，如10－15；另一个对空位的延伸罚分，如1－2。对于具体的比对问题，采用不同的罚分方法会取得不同的效果。对于比对计算产生的分值，到底多大才能说明两个序列是同源的，对此有统计学方法加以说明，主要的思想是把具有相同长度的随机序列进行比对，把分值与最初的比对分值相比，看看比对结果是否具有显著性。相关的参数E代表随机比对分值不低于实际比对分值的概率。对于严格的比对，必须E值低于一定阈值才能说明比对的结果具有足够的统计学显著性，这样就排除了由于偶然的因素产生高比对得分的可能。