蛋白质序列比对

一：为什么可以采用双序列比对来比对dna/蛋白质

因为首先密码子是兼容性的，有的氨基酸对应的密码子有三到四个，所以核酸序列不一样的情况下，氨基酸序列也有可能是一样的，而且直接决定性状的是蛋白质，所以比较蛋白质的氨基酸序列更有效

二：如何进行两蛋白质序列比对？

clustal x 可以做全序列比对

如果要做进化树 再用MEGA4.0

参考资料：wenku.baidu.com/...a.html

三：使用blast进行蛋白质双序列比对，出现警告。

出现这个警告是因为序列内部有非ATCG的未知碱基，不会对结果有太大影响，做blast很容易出现这种警告

四：双序列比对和多序列比对，哪种方法更能揭示蛋白质功能相关的保守序列片段？为什么？

当然是多序列对比,保守性衡量的是同源基因在整个进化树中的变化程度...而不是两个物种之间的差异.

五：蛋白序列比对结果有的氨基酸序列不同但是颜色相同是什么意思？还有的会有一个或者两个点有事什么意思

序列不同但颜色相同表示虽然有不同的氨基酸，但是它们属于同一类，结构和功能很相似，有可能不影响蛋白整体效果；上方星号表示很保守，所有序列在这个位置的氨基酸都一样；点号表示比较保守，虽然有不同的氨基酸但是是同类（序列不同颜色相同）；没有标记表示不是很保守，有不同种类的氨基酸在这个位置出现。——根据我的经验回答的。