一：为什么可以采用双序列比对来比对dna/蛋白质
因为首先密码子是兼容性的，有的氨基酸对应的密码子有三到四个，所以核酸序列不一样的情况下，氨基酸序列也有可能是一样的，而且直接决定性状的是蛋白质，所以比较蛋白质的氨基酸序列更有效
二：如何进行两蛋白质序列比对？
clustal x 可以做全序列比对
如果要做进化树 再用MEGA4.0
参考资料：wenku.baidu.com/...a.html
三：蛋白序列比对结果有的氨基酸序列不同但是颜色相同是什么意思？还有的会有一个或者两个点有事什么意思
序列不同但颜色相同表示虽然有不同的氨基酸，但是它们属于同一类，结构和功能很相似，有可能不影响蛋白整体效果；上方星号表示很保守，所有序列在这个位置的氨基酸都一样；点号表示比较保守，虽然有不同的氨基酸但是是同类（序列不同颜色相同）；没有标记表示不是很保守，有不同种类的氨基酸在这个位置出现。——根据我的经验回答的。
四：blast+怎么用蛋白序列比对核苷酸序列
不太明白你想问什么。用vector NTI等软件可以对两个序列进行序列比对，给出的positive值就可以看出同源度了。 若同时拿家族中3个序列进行比对，就可以得到进化树，更直观一点。
五：如何在ncbi上blast蛋白序列
Blast（Basic
Local Alignment Search
Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。
BLAST
采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。
Blast中常用的程序介绍：
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白库中的一种查询。先将核酸序列翻译成蛋白序列（一条核酸序列会被翻译成可能的六条蛋白），再对每一条作一对一的蛋白序列比对。
3、BLASTN是核酸序列到核酸库中的一种查询。库中存在的每条已知序列都将同所查序列作一对一地核酸序列比对。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸库中的一种查询。与BLASTX相反，它是将库中的核酸序列翻译成蛋白序列，再同所查序列作蛋白与蛋白的比对。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸库中的一种查询。此种查询将库中的核酸序列和所查的核酸序列都翻译成蛋白（每条核酸序列会产生6条可能的蛋白序列），这样每次比对会产生36种比对阵列。
六：双序列比对和多序列比对，哪种方法更能揭示蛋白质功能相关的保守序列片段？为什么？
当然是多序列对比,保守性衡量的是同源基因在整个进化树中的变化程度...而不是两个物种之间的差异.
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