一：蛋白质序列分析路线图和工具都是什么？
1、蛋白质序列分析路线图是指为了对蛋白质的成分和形成原因进行分析，而沿着蛋白质的形成部位和形成过程进行跟踪的线路。
2、蛋白质序列分析工具如下：
(1) 跨膜区预测。
方法：输入待分析的蛋白序列即可。
(2) 信号肽预测。
方法：输入待分析的蛋白序列，如为原核基因选择原核训练集，否则选择真核训练集。
(3) 亚细胞定位预测。
推荐使用PSORT软件对PDCD5蛋白的细胞内定位进行预测。PSORT将动物蛋白质定位于10个细胞器：(1)细胞浆，(2)细胞骨架，(3)内质网，(4)胞外，(5)高尔基体，(6)溶酶体，(7)线粒体，(8)胞核，(9)过氧化物酶体(peroxisome)和(10)细胞膜。
蛋白质是组成人体一切细胞、组织的重要成分。机体所有重要的组成部分都需要有蛋白质的参与。一般说，蛋白质约占人体全部质量的18%，最重要的还是其与生命现象有关。蛋白质是生命的物质基础，是有机大分子，是构成细胞的基本有机物，是生命活动的主要承担者。
二：有没有根据序列预测蛋白质结构的软件
当然有根据序列预测蛋白质结构的软件 比如nnPredict，预测全alpha蛋白、全beta蛋白和alpha/beta蛋白的二级结构 PredictProtein，提供了序列搜索和结构预测服务。先搜索相似序列，然后构建多序列比对的轮廓，再在数据库中搜索相似的轮廓，然后用一套PHD程序来预测相应的结构特征，包括二级结构。返回的结果包含大量预测过程中产生的信息，还包含每个残基位点的预测可信度。
三：有没有根据序列预测蛋白质结构的软件
如果基因是已知的，那从NCBI上的gene数据库可以直接查到其编码蛋白是什么，然后再在蛋白质数据库输入蛋白质名称就能查到其功能。如果是未知的，就用NCBI中blastx功能可以查看这个基因的编码产物是否与其他蛋白质类似，推断其功能。当然也可以用其他软件绘制出可能存在的高级结构然后再进行判断，比较复杂，我也没具体研究过
四：谁能告诉我这个比对蛋白序列的软件是什么？
觉得可能是the protein coverage summazer(pcs)，这个我没有用过……
五：蛋白序列数据库的相关详细信息。主要用于生物模拟显示软件都有什么格式的文件，怎么获得？谢谢！
NCBI NCBI下有很多数据库，以下是蛋白质序列
PopSet 包含研究一个人群、一个种系发生或描述人群变化的一组组联合序列。PopSet既包含核酸序列数据又包含蛋白质序列数据。
Entrez 功能强大，在于它的大多数记录可相互链接，既可在同一数据库内链接，也可在数据库之间进行链接。当运用BLAST软件比较某氨基酸或DNA序列与库中其他氨基酸或DNA序列差异即进行相似性检索时，则会涉及到蛋白质库或核苷酸库的库内链接。库间链接发生在核苷酸数据库内的记录与PubMed库中已发表序列的引文间的链接，或蛋白质序列记录与核苷酸序列库中编码它的核苷酸序列间的链接。
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool）是用于序列相似性检索的一个重要数据库，是区分基因和基因特征的工具。该软件能在15秒内完成整个DNA数据库的序列检索。BLAST记录的相关度有明确的统计学解释，以便更容易地将相关记录与随机的数据库记录相区分。在NCBI主页的左工具条中，点击BLAST图标，即进入BLAST主页。
BLAST 主页提供了几种BLAST检索软件。其中BLAST2.0是一种新的BLAST检索工具，它在原有基础上作了改进，运行速度更快，灵敏度更高，同时具有Gapped BLAST 和PSI-BLAST两种软件的新功能。Gapped BLAST 允许在对准的序列中引入空位（碱基缺失或插入），引入空位（Gaps）意味着在比较两个相关序列时不会出现中断（Break）现象。这些空位对准的记分系统更能反映相关序列的类似程度。PSI-BLAST的全称是Position-Specific Iterated BALST，即特殊位置重复BLAST，它提供了自动、易用的概貌（Profile）检索，是查找序列同源的有效工具。
Dnastar 可以用于解决你踢完的后半个问题
参考资料：baike.baidu.com/view/198783.htm
六：可以通过一个蛋白的氨基酸序列查它的结构域吗？有什么软件或网站查吗？谢谢！
您好！www.uniprot.org/ 就可以进行查询。
百度教育团队【海纳百川团】为您解答。
感谢您的采纳 O(∩_∩)O 。如有疑问，欢迎追问。
七：DNA序列翻译成蛋白后比较的软件有没有？
t_coffee，能够翻译 DNA 序列为蛋白质序列，比对后，再根据蛋白质序列的比对结果，产生 DNA 比对结果。
不过是命令行操作。
vectornt 好像只能多序列比对，不能翻译
可以试试
{来源网络搜素}
八：什么软件可以通过基因序列估算蛋白质分子量的
什么软件可以通过基因序列估算蛋白质分子量
溶剂是一种可以溶化固体，液体或气体溶质的液体（气体、或固体）（溶剂、溶质都可以为固体、液体、气体），继而成为溶液。在日常生活中最普遍的溶剂是水。而所谓有机溶剂即是包含碳原子的有机化合物。溶剂通常拥有比较低的沸点和容易挥发。或是可以由蒸馏来去除，从而留下被溶物。因此，溶剂不可以对溶质产生化学反应。它们必须为惰性。溶剂可从混合物萃取可溶化合物，最普遍的例子是以热水冲泡咖啡或茶。溶剂通常是透明，无色的液体，他们大多都有独特的气味。
九：有没有根据序列预测蛋白质结构的软件
当然有根据序列预测蛋白质结构的软件
比如nnPredict，预测全alpha蛋白、全beta蛋白和alpha/beta蛋白的二级结构
PredictProtein，提供了序列搜索和结构预测服务。先搜索相似序列，然后构建多序列比对的轮廓，再在数据库中搜索相似的轮廓，然后用一套PHD程序来预测相应的结构特征，包括二级结构。返回的结果包含大量预测过程中产生的信息，还包含每个残基位点的预测可信度。
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